Η Ελένη Καινούργιου είναι Διδάκτωρ Παιδαγωγικής της Σχολής Επιστημών Αγωγής του Παιδαγωγικού Τμήματος Νηπιαγωγών Πανεπιστημίου Ιωαννίνων. Κατέχει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Εκπαίδευση από το Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο. Οι βασικές της σπουδές πραγματοποιήθηκαν στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, στο Τμήμα Βρεφονηπιοκομίας (πρώην Προσχολικής Αγωγής) του Τ.Ε.Ι. Ηπείρου, και στη Ζωσιμαία Παιδαγωγική Ακαδημία Ιωαννίνων. Υπηρέτησε στην Α/θμια Εκπαίδευση για 11 περίπου χρόνια, 10 χρόνια στη Β/θμια Εκπαίδευση στο 3ο ΕΠΑΛ (πρώην Τ.Ε.Ε.) Ιωαννίνων στον κλάδο ΠΕ 18.33 Βρεφονηπιοκόμων και για 4 χρόνια είχε αποσπαστεί ως εργαστηριακός συνεργάτης στο τμήμα Βρεφονηπιοκομίας (πρώην Προσχολικής Αγωγής) του Τ.Ε.Ι. Ηπείρου στα Ιωάννινα. Έχει διδάξει στην Ανώτατη Σχολή Παιδαγωγικής και Τεχνολογικής Εκπαίδευσης, στο Τμήμα Βρεφονηπιοκομίας του Τ.Ε.Ι. Ηπείρου, στο Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Επιστήμες της Αγωγής μέσω Καινοτόμων Τεχνολογιών και Βιοϊατρικών Προσεγγίσεων» του Τμήματος Αγωγής και Φροντίδας στην Πρώιμη Παιδική Ηλικία του Πανεπιστημίου Δυτικής Αττικής και στο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Διεπιστημονική προσέγγιση αναπτυξιακών και επίκτητων διαταραχών επικοινωνίας» του Τμήματος Λογοθεραπείας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων. Το ακαδημαϊκό έτος 2008/09 εξελέγη Καθηγήτρια Εφαρμογών στο τμήμα Προσχολικής Αγωγής (πρώην Βρεφονηπιοκομίας) του Τ.Ε.Ι. Ηπείρου. Το 2016 εξελέγη σε μόνιμη τακτική θέση στη βαθμίδα του Επίκουρου Καθηγητή στο Τμήμα Προσχολικής Αγωγής του ΤΕΙ Ηπείρου. Με το Ν. 4559/2018 (ΦΕΚ 142/Α/3.8.2018) το πρώην Τεχνολογικό Εκπαιδευτικό Ίδρυμα (Τ.Ε.Ι.) Ηπείρου εντάχθηκε στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων, το Τμήμα Προσχολικής Αγωγής μετονομάστηκε σε Τμήμα Αγωγής και Φροντίδας στην Πρώιμη Παιδική Ηλικία και η θέση της (Επίκ. Καθηγητή) μετατράπηκε σε οργανική θέση της ίδιας βαθμίδας. Το 2022 υπεβλήθη στη νόμιμη διαδικασία κρίσης για την εξέλιξη και εκλογή στη βαθμίδα του Αναπληρωτή Καθηγητή (ΦΕΚ 915/Γ΄/15.04.2022) στο Τμήμα Αγωγής και Φροντίδας στην Πρώιμη Παιδική Ηλικία της Σχολής Κοινωνικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.
Τα ερευνητικά της ενδιαφέροντα επικεντρώνονται στην Προσχολική Παιδαγωγική, στη Διδακτική Μεθοδολογία, στη Συνεργασία και Επικοινωνία γονέων-παιδαγωγών, στη Διαπολιτισμική Αγωγή, στην Εκπαίδευση Παιδαγωγών Πρώιμης Παιδικής Ηλικίας και στα Σύγχρονα Προγράμματα Προσχολικής Αγωγής και Εκπαίδευσης. Συμμετείχε σε ερευνητικά ευρωπαϊκά προγράμματα ως επιστημονικώς υπεύθυνη και ως ερευνήτρια. Είναι μέλος ελληνικών και διεθνών επιστημονικών εταιρειών και επιστημονικών επιτροπών συνεδρίων, κριτής άρθρων σε επιστημονικά περιοδικά, έχει δημοσιεύσει εργασίες της σε βιβλία και επιστημονικά περιοδικά, και έχει συμμετάσχει με εισηγήσεις σε συνέδρια και επιστημονικές εκδηλώσεις στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.